產(chǎn)品簡介

全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study, GWAS）是一種對(duì)全基因組范圍內(nèi)的常見遺傳變異（單核苷酸多態(tài)性和拷貝數(shù)變異）基因總體關(guān)聯(lián)分析的方法，該方法以自然群體為研究對(duì)象，以長期重組后保留下來的基因（位點(diǎn)）間連鎖不平衡（linkage disequilibrium, LD）為基礎(chǔ)，將目標(biāo)性狀表型的多樣性與基因（或標(biāo)記位點(diǎn)）的多態(tài)性結(jié)合起來分析，可直接鑒定出與表型變異密切相關(guān)且具有特定功能的基因位點(diǎn)或標(biāo)記位點(diǎn)。在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行整體研究，能夠一次性對(duì)優(yōu)良性狀進(jìn)行輪廓性概覽，適用于挖掘優(yōu)良性狀的研究。

研究內(nèi)容

全基因組關(guān)聯(lián)分析首先進(jìn)行群體分層，分析了解材料的分層信息；然后進(jìn)行連鎖不平衡分析，連鎖不平衡的水平可決定關(guān)聯(lián)分析的精度、所選標(biāo)記的數(shù)目；最后結(jié)合群體基因型和表型數(shù)據(jù)，使用基于混合線性模型進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，對(duì)分析所得的與目標(biāo)性狀強(qiáng)關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)進(jìn)行基因功能注釋。

結(jié)果展示

送樣建議

1) 對(duì)于農(nóng)作物，一般選取多個(gè)品系或商業(yè)品種做GWAS，包括野生種、當(dāng)?shù)卦耘喾N、馴化種或商業(yè)品種，選擇多個(gè)品系或商業(yè)品種可以保證遺傳多樣性；

2) 對(duì)于動(dòng)物或禽類，一般選取半同胞家系或者全同胞家系；

3) 對(duì)于林木類材料，一般選取同一個(gè)物種的多個(gè)樣本，樣本間要做到表型豐富；

4) 無論何種材料，樣本間都不能有明顯的亞群分化，且多態(tài)性要廣，同時(shí)建議選取幾個(gè)比較重要的表型性狀作為研究的重點(diǎn)；

5) 對(duì)于組織樣或DNA的要求與全基因組重測序相同；

6) 原則上樣本數(shù)目越多越好，根據(jù)目前報(bào)道的高水平文章來看，樣本數(shù)一般在200以上，對(duì)于珍稀物種可以適當(dāng)減少；

7) 對(duì)于目標(biāo)性狀選擇方面，盡量選擇遺傳力高的性狀，所有個(gè)體性狀表型鑒定部位盡量一致，最好有多年多點(diǎn)的表型數(shù)據(jù)。