產(chǎn)品簡介

微生物多樣性分析是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。它是通過對樣本中微生物16S/18S/ITS高變區(qū)的擴增產(chǎn)物進行高通量測序，分析該樣品中微生物群落的多樣性和分布規(guī)律。

微生物多樣性主要的研究對象為：細菌（16S）、真菌(18S/ITS)、古細菌(16S)。由于目前高通量測序技術(shù)受其測序讀長的限制，所以往往需要針對測序?qū)ο蟮牟糠謪^(qū)段進行測序分析，因而又稱為擴增子測序。特別在研究共生菌時，一般會有來自宿主的污染，建議單個樣本的測序數(shù)據(jù)量從傳統(tǒng)的3-5萬tags提高到8-10萬tags。

研究內(nèi)容

1) 序列優(yōu)化及質(zhì)控
2) 測序數(shù)據(jù)介紹
3) 數(shù)據(jù)過濾及質(zhì)量評估
4) 各樣本ASV數(shù)量展示
5) ASV韋恩圖分析
6) 物種分類與相對豐度統(tǒng)計
7) 物種豐度聚類熱圖
8) 分類學(xué)樹狀圖
9) KRONA物種注釋
10) Ternary 三元相圖
11) 樣本與物種豐度circos圖
12) Metastat分析
13) LEfse分析
14) 物種豐度STAMP(Welch’s t-test)分析
15) Alpha多樣性指數(shù)統(tǒng)計
16)  樣本豐富度稀釋曲線
17) 香農(nóng)指數(shù)曲線(Shannon index curve)
18) 物種累積曲線
19) 等級豐度曲線(Rank Abundance Curve)
20) Alpha多樣性指數(shù)組間差異分析
21) Beta多樣性分析
22) PCA分析
23) PCoA分析
24) UPGMA聚類樹分析
25) 樣本距離矩陣熱圖展示
26) 限制性主坐標(biāo)軸分析(db-RDA)
27) 組間群落結(jié)構(gòu)差異顯著性檢驗

28) Adonis多元方差分析和置換檢驗

29) ANOSIM相似度分析

30) MRPP分析

31) Beta多樣性相似性組間差異分析

32) 功能基因預(yù)測分析

33) PICRUSt2功能預(yù)測

34) 功能注釋PCA分析

35) pathway代謝通路差異分析(STAMP)

36) FAPROTAX功能預(yù)測

37) 物種相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖

38) 隨機森林分析

39) 隨機森林無監(jiān)督分類分析

40) 交叉驗證選擇最佳數(shù)量物種

41)  隨機森林分類預(yù)測

42) 微生物群落與環(huán)境因子相關(guān)性分析

43) 環(huán)境因子之間自相關(guān)性分析

44) Mantel test分析

45) RDA/CCA分析

46) db-RDA環(huán)境因子分析

結(jié)果展示

送樣建議：

1、一般以土壤、水體、腸道、根際等微生物為研究對象；

2、樣品選取需要以時間、地域、深度、部位等為參考，建議每個樣品設(shè)置3個以上生物學(xué)重復(fù)；

3、DNA要求：總量≥150ng，濃度≥50ng/μl，OD260/280：1.8-2.0，電泳要求：主帶清晰，無降解或輕度降解；

4、組織樣要求：土壤、根系等固體樣本約1-3g；菌液樣本需離心取沉淀物，不少于50mg；